C'est en 1998, sur le tournage de la série "Felicity" que la belle rencontre l'acteur Scott Foley, son petit ami dans la série. Elle raconte que le coup de foudre a été immédiat. Comme leur amour grandissait au fil des mois, Scott la demanda en mariage. Jennifer accepte et le 19 octobre 2000 elle l'épouse. Après leur union, leurs carrières respectives n'ont plus du tout suivi le même cours. Alors que Scott Foley ne connaissait pas le succès avec la série A.U.S.A, Jennifer, elle, explosait grâce à son rôle d'espionne dans la série Alias. Peut-être que l'emploie du temps de plus en plus chargé de l'actrice a contribué à la rupture du couple car au bout de 3 ans d'une relation compliquée, les deux acteurs décideront de se séparer d'un commun accord. Six semaines après leur séparation, Jennifer demande le divorce en citant des "différends irréconciliables". Celui-ci sera finalement prononcé le 30 mars 2004...

Avant même l'annonce de son divorce avec Scott Foley, une rumeur prétendait qu'une idylle était née entre Jennifer et Michael Vartan qui n'est autre que son partenaire dans Alias ! A l'époque, les deux acteurs niaient tout en bloc. En effet, ces rumeurs étaient systématiquement démenties par les portes paroles des deux acteurs. Finalement, Jennifer et Michael reconnurent conjointement dans un communiqué de presse officiel destiné aux médias qu'ils sortaient ensemble en précisant toutefois que ce n'était que depuis quelques semaines pour ne pas donner raison aux médias qui prétendaient que leur relation était à l'origine de la rupture de Jen avec Scott Foley. En réalité, leur liaison a bel et bien commencé alors que Jennifer était encore mariée. ll semblerait qu'elle voyait Michael dans la plus grande discrétion depuis quelques mois et pour ne pas éveiller les soupçons, ils arrivaient toujours chacun de leur côté aux soirées. Mais seulement après quelques mois de romances, leur histoire n'est plus d'actualité. La difficulté de vivre sous la pression constante des médias les aurait éloignés l'un de l'autre...

Ben Affleck et Jennifer Garner se sont rencontrés en 2003 sur le tournage de Daredevil. A l'époque, ils étaient tous les deux pris. L'acteur était encore fiancé à Jennifer Lopez et l'héroïne d'Alias sortait avec son partenaire dans la série, Michael Vartan. D'après des amis du couple, Ben Affleck et Jennifer Garner se seraient avoué leurs sentiments après s'être une nouvelle fois croisés lors d'une collecte de fonds pour une oeuvre caritative. L'acteur aurait alors mis un terme à sa relation avec Enza Sambataro du fait de ses sentiments pour la belle espionne. En Avril 2005, Ben lui demande sa main et Jennifer accepte une seconde fois. Ils se maris le 29 juin 2005, sur les îles Turks et Caïcos au large de la Floride dans les Caraïbes lors d'une cérémonie discrète réservée à la famille et aux amis proches. Et heureuse nouvelle, Jennifer attend un bébé ! Elle accouche d'une belle petite fille prénommée Violet le 1er décembre 2005 au Cedars Sinai Hospital de Los Angeles. L'arrivée de Violet comble de bonheur les deux parents et leur couple se résument bien en cette phrase prononcé par l'un de leurs amis : "Vous prenez deux personnes géniales qui s'adorent et alors que vous pensez que c'est déjà le top du top que ces deux-là se soient trouvés, voilà que cette petite fille débarque dans leurs vies.". Encore une bonne nouvelle: le 6 Janvier 2008, Jennifer met au monde une nouvelle petite fille, Seraphina.
Enfin, en Février 2012, c'est un 3ème enfant qui vient agrandir la famille: un garçon, Samuel !